مطابق فصل ده و ماده 16 آیین نامه مربوط به دفاترموارد ذیل موجب رد دفاتر می شود :
۱- در صورتی که دفاتر ارائه شده نزد مراجع ذیربط به ثبت نرسیده باشد یا فاقد یک یا چند برگ باشد.
۲- عدم ثبت یک یا چند فعالیت مالی در دفاتر به شرط احراز.
۳- تأخیر تحریر دفاتر روزنامه بیش از ۱۵ روز و تأخیر تحریر دفتر کل زاید بر حد مجاز مندرج در این آئیننامه.
۴-عدم ثبت عملیات شعبه یا شعب در دفاتر مرکز طبق مقررات این آئیننامه.
۵-در مواردی که دفاتر مزبور به ادعای مودی از دسترس وی خارج شده باشد و غیر اختیاری بودن موضوع مورد تأیید بالاترین مسئول اداره امور مالیاتی ذیربط قرار نگیرد.
۶- عدم تطبیق مندرجات دفاتر قانونی بااطلاعات موجود در سیستمهای ماشینی (مکانیزه- الکترونیکی) و یا سامانه ثبت برخط معاملات در مورد اشخاصی که از سیستمهای مذکور استفاده و یا مکلف به استفاده از سامانه یادشده میباشند.”
۷-جای سفید گذاشتن بیش از حد معمول در دفتر روزنامه.
۸-عدم ارائه یک یا چند جلد از دفاتر ثبت شده اعم از تحریر شده و نانویس.
۹-تغییر نرم افزار حسابداری مورد استفاده در طی سال مالیاتی بدون اطلاع قبلی اداره امور مالیاتی ذی ربط.
۱۰-تغییر روش نگهداری دفاتر، اسناد حسابداری از ماشینی (مکانیزه- الکترونیکی) به دستی و بالعکس طی سال مالیاتی یا دوره مالی.
۱۱- تحریر دفاتر به غیر از پول رایج کشور و زبان فارسی.
۱۲-حذف برخی از عملیات در دفاتر الکترونیکی.
تبصره- در مورد بند ۸ این ماده چنانچه سفید ماندن برای ثبت تراز افتتاحی باشد موجب رد دفاتر نخواهد بود و همچنین سفید ماندن ذیل صفحات دفتر در آخر هرروز یا هرهفته یا هرماه به شرطی که اسناد دارای شماره ردیف بوده و قسمت سفید مانده با خط بسته شود، به اعتبار دفتر خللی وارد نمی آورد.
