اعتبار مالیات بر ارزش افزوده زمانی قابل کسر از مالیات فروش است که کالاها یا خدمات خریداری‌شده در فعالیت‌های مشمول مالیات بر ارزش افزوده مورد استفاده قرار گیرند.

بنابراین، اگر شخص حقوقی کالا یا خدمات معاف از مالیات بر ارزش افزوده ارائه کند، مالیات و عوارضی که بابت خرید کالاها و خدمات مرتبط با آن فعالیت معاف پرداخت می‌کند، اعتبار مالیاتی محسوب نمی‌شود و قابل کسر یا استرداد نیست.

مثال:

فرض کنید یک درمانگاه خدمات پزشکی ارائه می‌دهد. از آنجا که خدمات درمانی از مالیات بر ارزش افزوده معاف هستند، اگر درمانگاه برای خرید تجهیزات، لوازم مصرفی، خدمات تعمیرات یا سایر هزینه‌های مرتبط، مالیات بر ارزش افزوده پرداخت کند، این مبالغ برای آن اعتبار مالیاتی نخواهد بود و باید به بهای تمام‌شده کالا یا خدمت یا هزینه دوره منظور شود.

البته اگر یک مؤدی همزمان فعالیت مشمول و فعالیت معاف داشته باشد، اعتبار مالیاتی بر اساس مقررات و به نسبت فعالیت‌های مشمول قابل محاسبه و کسر خواهد بود.به نظرم اضافه کردن پاراگراف آخر بسیار مهم است، چون بسیاری از شرکت‌ها (مانند بیمارستان‌ها، دانشگاه‌ها یا برخی شرکت‌های خدماتی) همزمان فعالیت‌های مشمول و معاف دارند و این نکته یکی از پرسش‌های پرتکرار مؤدیان است.